Em uma dimensão chamada Vestroia, um Bakugan chamado Naga decide tomar Vestroia para si. Naga tenta usa-la para ser o Bakugan mais forte de todos, Roubando o poder do centro do Silêncio e do Infinito, mas acaba desequilibrando os dois centros. Ambas as partes, se forem colocadas de volta onde sempre estiveram, irão restabelecer o equilíbrio e fazer com que todos os Bakugans vivam em paz novamente.
A História se concentra em um grupo de amigos que acham as cartas dos Bakugans caindo do céu. Eles resolveram então criar um grupo, denominado Bakugan Guerreiros da Batalha que consiste em sete crianças: Dan, Shun, Runo, Marucho, Julie, Alice e mais tarde Joe Brown. Juntos tentam descobrir mais sobre a origem dos Bakugans, enquanto ainda tentam destruir Hal-G e Naga, e restaurar o equilibrio para que haja paz nos dois mundos